Diamond 4 分子結構軟體
- Diamond 4 分子結構軟體
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類別生化統計分析軟體
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介紹Diamond是傑出的分子和晶體結構顯示軟體.它結合了多種功能，可以用於含有晶體結構數據的工作，適用於教育，科學研究以及出版。Diamond像其它的軟體一樣不僅可以畫出精密的分子和晶體結構圖片，它還有一系列拓展的功能，它可以讓你很容易的從一套基本結構參數（晶胞，空間群和原子的位置）中模擬任意部分的晶體結構。
Diamond 4 Molecular Structure Software
Automatic and batch structure picture creation
• "Auto Picture Creator" docking pane automatically
ap plieschan ges in building options, picture design
and viewing direction directly to the structure
picture.
• Definition and application of "design schemes"
(style sheets).
• Enhanced automatic structure picture creation.
• "Building schemes" (in Diamond 3 called "Auto-
Build") and"Picture Creation Assistant" extended
for packing diagram,and contact and H-bond
options.
Enhanced productivity
• "Grab mode": New mode for more intuitive rotation,
shifting or zooming during exploration of a crystal
or molecular structure.
• Neighbouring preview of atoms and molecules
around the atom (bond, molecule) under mouse
cursor.
• Several options to use the mouse wheel to change
properties(enlargement factor, zoom in/out,
change atom radii) or to change surroundings
(blow up polyhedra, expand molecule cluster, etc.).
• Improved evaluation of bonding spheres
(connectivity).
• "Atomic environment" as additional (optional)
criterion when filling a coordination sphere or
adding coordination polyhedra.
• Determination of atom site environments basing
upon Dirichlet domains (Voronoi polyhedra).
• Support of disorder parts to avoid unwanted
connections between atoms of different parts.
• Acceleration of structure picture drawing.
Anti-aliasing.
• Improved selection of objects from the structure
picture(additive/subtractive selection).
• Selection filter for object types to avoid inadvertent
matching of wrong objects.
• Atom design can be assigned to individual sites
(rather than to atom groups only).
• Random distribution of mixed sites' components
(see "Atom Group and Site Designs" dialog).
Extended functionality for molecules
and polymers
• Packing diagram: Several options to create
(cell range, sphere,slab, or slice of molecules)
and how far to include molecules.
• Connectivity dialog: Additional pages to define
non-bonding contacts and forimproved handling
of H-bonds.
• Connection parameters, usually imported from
"_geom_bond_xxx", "_geom_contact_xxx", and
"_geom_hbond_xxx" loops in CIF.
• Improved function to complete molecular
fragments. New dialog to generate (symmetry
-equiva lent) molecules.
• Search for molecules in the neighbourhood of
an atom or molecule.
• Expand or reduce clusters of molecules.
• Grow or cut molecular fragments or polymers
step-by-step(that means: sphere by sphere).
• Pump up or shrink multiple coordination spheres
around selected atoms (especially for polymers).
New polyhedron functions
• "Atomic environment" as new optional criterion to
define the coordination polyhedron's atoms.
• Enhanced construction from atoms or bonds.
• Combination or splitting of polyhedron faces
by clicking.
• Copy and paste of polyhedra between atoms
of same site.
• Creation of Voronoi polyhedra.
Searching for structure data
• Access to the crystal structure database COD
("CrystallographyOpen Database") including
(amongst others) AMCSD ("American Mineralogist
Crystal Structure Database") as well as CIF files from
the IUCr journals.
• Small database of most frequent (inorganic)
structure types, e.g.
• to insert data from or ready-to-use structure
pictures from.
• Improved searching of Diamond documents
and structure files on your hard disk.
Improved user interface
• Better integration and correlation of the
different views (structure picture, tables,
powder pattern, etc.).
• Editing of a structure picture side-by-side
with the other pictures'thumbnails in a multiple
picture document.
• Enhanced possibilities to preview, resize, and
arrange structure picture thumbnails.
• Color coding of structural parameter sets.
• Powder pattern, data sheet (brief or
comprehensive), and distances table beneath
structure picture graphics with
enhanced correlation possibilities (e.g.
distances around atoms currently selected in
structure pictures)
• Configurable data sheet.
• "Atom list": Hierarchical list of atom groups, atom
sites, and
created atoms of structure picture, e.g. to edit
properties and designs or to select from.
• New tables for created molecules (or fragments)
as well as for bond, H-bond, and contact parameters.
• Atomic parameters dialog with report-like representa
tion of atoms (which can be grouped for sites), with
items that can be edited directly in the report.
• "Recent pictures": Access the latest viewed and/or
edited structure pictures - from current as well as
earlier Diamond sessions.
• "Undo buffer": Undo/Redo can be done now with
multiple steps together, assisted by thumbnail
pictures of the previous conditions.
• Full screen view of structure picture.
Special functions
• Improved recording of structure pictures to create
video sequences from.
• Animated POV-Ray pictures or video sequences
from POV-Ray pictures.
• Export of structure picture as 3D model in Wavefront
OBJ and STL format.
• Start page with news channel and thumbnails of
recently viewed structure pictures.
• User-defined symmetry. Visualization of symmetry
elements.
• Bond valences.
• Optional calculation of powder pattern using
Debye formula basing upon the atoms currently
present in the structure picture.
系統需求
Personal Computer with Microsoft Windows XP, Windows Vista, Windows 7, Windows 8/8.1 or Windows 10 operating system (note: does not run with Windows RT and does not run with Windows 10 when in "S mode")
Microsoft Internet Explorer 8 or higher
CPU:
Intel or AMD (or compatible) processor with "x86" instruction set
RAM:
1 GB of RAM
HD:
3.8 GB of free disk space (6 GB during installation procedure, for unpacking of Crystallography Open Database)
OTHER:
Graphics resolution of 1024 x 768 pixels with 32,768 colors ("High Color") or higher (1280 x 800 pixels or more recommended)
DVD-ROM drive (for installation from DVD)
Microsoft-compatible mouse
Diamond 4 分子結構軟體
自動和批量結構圖片創建
• “自動圖片創建器”對接窗格自動將建築選項、圖片設計和
查看方向的更改直接應用於結構圖片。
• “設計方案”（樣式表）的定義和應用。
• 增強的自動結構圖創建。
• “構建方案”（在鑽石 3 中稱為“自動構建”）和“圖片創建助手
”擴展為包裝圖，以及接觸和 H 鍵選項。
提高生產力
• “抓取模式”：在探索晶體或分子結構過程中更直觀的旋轉、
移動或縮放的新模式 。
• 鼠標光標下原子（鍵、分子）周圍原子和分子的相鄰預覽
• 使用鼠標滾輪更改屬性（放大係數、放大/縮小、更改原子
半徑）或更改環境（炸毀多面體、擴展分子簇等）的幾個
選項。
• 改進了對鍵合球體的評估（連接性）。
• “原子環境”作為填充配位球或添加配位多面體時的附加
（可選）標準。
• 基於狄利克雷域（Voronoi 多面體）確定原子位點環境。
• 支持無序部分以避免不同部分的原子之間出現不必要的連接。
• 結構圖繪製加速。抗鋸齒。
• 改進了從結構圖中選擇對象（加法/減法選擇）。
• 對像類型的選擇過濾器，以避免無意中匹配錯誤的對象。
• 原子設計可以分配給單個站點（而不是僅分配給原子組）。
• 混合站點組件的隨機分佈（參見“原子組和站點設計”對話
框）。
分子和聚合物的擴展功能
• 堆積圖：創建的幾個選項（細胞範圍、球體、平板或分子切 片）以及包含分子的距離。
• 連接對話框：定義非鍵合接觸和改進 H 鍵處理的附加頁面。
• 連接參數，通常從 CIF 中的“_geom_bond_xxx”、“_geom
_contact_xxx”和“_geom_hbond_xxx”循環導入。
• 改進了完成分子片段的功能。生成（對稱等效）分子的新對
話框。
• 在原子或分子附近搜索分子。
• 擴大或減少分子簇。
• 逐步生長或切割分子片段或聚合物（即：逐個球體）。
• 在選定的原子周圍泵起或收縮多個配位球（特別是對於聚
合物）。
新的多面體函數
• “原子環境”作為定義配位多面體原子的新可選標準。
• 原子或鍵的增強結構。
• 通過單擊組合或拆分多面體面。
• 在同一位置的原子之間複製和粘貼多面體。
• 創建 Voronoi 多面體。
搜索結構數據
• 訪問晶體結構數據庫COD（“晶體學開放數據庫”），
包括（除其他外）AMCSD（“美國礦物學家晶體結構
數據庫”） 以及來自 IUCr 期刊的CIF 文件。
• 最常見（無機）結構類型的小型數據庫，例如插入數據
或隨時可用的結構圖片。
• 改進了對硬盤上 Diamond 文檔和結構文件的搜索。
改進的用戶界面
• 更好地整合和關聯不同的視圖（結構圖、表格、粉末圖案 等）。
• 在多圖片文檔中與其他圖片的縮略圖並排編輯結構圖片。
• 增強了預覽、調整大小和排列結構圖片縮略圖的可能性。
• 結構參數集的顏色編碼。
• 粉末圖案、數據表（簡要或全面）和結構圖片下方的距離表， 具有增強的相關性（例如，結構圖片中當前選擇的原子周圍
的距離）。
• 可配置的數據表。
• “原子列表”：原子組、原子位點和創建的原子結構圖的分層
列表，例如編輯屬性和設計或從中選擇。
• 創建的分子（或片段）以及鍵、H 鍵和接觸參數的新表。
• 原子參數對話框，帶有類似報告的原子表示（可以按位點分 組），其中的項目可以直接在報告中編輯。
• “最近的圖片”：訪問最新查看和/或編輯過的結構圖片
- 來自當前和較早的 Diamond 會議。
• “撤消緩衝區”：現在可以通過多個步驟一起完成撤消/重做，
並輔以先前條件的縮略圖 。
• 結構圖全屏查看。
特殊功能
• 改進記錄結構圖片以創建視頻序列。
• 動畫 POV-Ray 圖片或來自 POV-Ray 圖片的視頻序列。
• 將結構圖導出為 Wavefront OBJ 和 STL 格式的 3D 模型。
• 帶有新聞頻道和最近查看的結構圖片縮略圖的起始頁。
• 用戶定義的對稱性。對稱元素的可視化。
• 鍵價。
• 根據結構圖中當前存在的原子，使用德拜公式計算粉末圖案
的可選計算。
COSMOtherm 量子化學軟體
COSMOtherm 是液體預測特性計算的通用工具，以獨特的方式結合了量子化學和熱力學。它計算幾乎任何純液體或混合液體中幾乎任何分子在可變溫度下的化學勢，即它預測分子在特定液體環境中的快樂程度。這是預測工業應用或學術研究所需的多種特性的關鍵，包括溶解度、分配、蒸氣壓和完整的相圖。與其他幾種可用方法相比，COSMOtherm 能夠通過應用熱力學一致方程來預測作為濃度和溫度函數的特性。
PQS ab initio 4.0 量子化學計算軟體
PQS ab initio PROGRAM is the quantum chemistry calculation software which completes the function where Hartree-Fock method and density functional method etc are well used. Good quality of parallel conversion efficiency and structural optimization routine with merit, can realize especially the high-speed characteristic in the calculation which it does as routine work such as property calculation and molecular structural search.
MOPAC2016™ 量子化學軟體
MOPAC2016™是MOPAC2012™的後繼者，對大型生物大分子的建模方法進行了改進。 MOPAC2016™是一個半經驗量子化學軟件包，用於預測化學性質和建立化學反應模型。它被化學家和生物化學家用於研究和教學，並在Windows®、Linux和Macintosh平台上運行。